Software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows

Berikut ini adalah daftar software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows. Dengan menggunakan software ini, Anda dapat melihat dan menganalisis data biologis seperti rangkaian DNA, RNA, dll. Data biologis yang Anda analisis berasal dari berbagai spesies seperti aptMan, Bos taurus, Gorilla, dll. Untuk menganalisis genom tertentu, Anda perlu menggunakan database yang didukung atau berikan file urutan. File urutan dapat berupa berbagai jenis seperti .mga, .txt, .pir, dll.

Anda dapat dengan mudah melihat urutan yang terdapat dalam file masukan pada antarmuka software ini untuk memahami dan menganalisis urutannya secara jelas dalam hal fungsi, struktur, evolusi , dll. Kebanyakan software menggunakan kode warna untuk menandai urutan yang terdiri dari elemen yang sama. Selain itu, ada banyak tool pengamat dan penganalisa lain yang dapat Anda gunakan termasuk zoom in / out, tampilan struktur 3D, diagram Pohon, dll.

Jika Anda memiliki pengetahuan yang cukup tentang urutan genetik, Anda juga dapat mengedit urutan dengan mudah menggunakan software bioinformatika ini. Dalam pengeditan urutan, Anda dapat mengubah karakter urutan, mengubah kode warna urutan, menambahkan anotasi, dll. Setelah modifikasi, Anda juga dapat memilih untuk menyimpan versi modifikasi urutan dalam format file TXT, XLX, GB, dll.

Berikut software bioinformatika gratis terbaik untuk Windows:

MEGA

MEGA adalah software bioinformatika gratis dan mudah digunakan untuk Windows. software ini terutama digunakan untuk menganalisa data urutan protein dan DNA dari spesies dan populasi. Selain itu, Anda juga dapat melakukan berbagai jenis analisis urutan seperti Interferensi Phylogeny, Model Selection, Dating and Clocks, Penyelarasan Urutan, dll. Plus, berbagai metode Statistik penting (metode jarak, metode kemungkinan maksimum, dll.) Dan Powerful visual tools untuk penjelajah data juga tersedia. Semua tool dan fitur yang mengesankan ini memungkinkan Anda menganalisis rangkaian masukan DNA dan Protein secara menyeluruh.

Dalam aplikasi gratis ini, Anda dapat memasukkan urutan DNA dan Protein sebagai file teks (.txt) atau sebagai file MEGA (.mga). Setelah mengirimkan file, Anda dapat melihat dan menganalisis data dengan menggunakan berbagai menu yang tersedia. Mari kita lihat sekilas bagaimana cara kerja menu ini.

TA DATA: Menggunakan menu ini, Anda dapat melihat urutan input dalam bentuk simbol seperti T, L, Q, R, dll. Setiap simbol memiliki arti khusus dan untuk menyorot jenis simbol tertentu, Anda dapat menggunakan tool seperti C (menandai situs conserved), V (menandai situs variabel), dll.
Models: Ini adalah menu yang sangat penting di mana Anda dapat menemukan model DNA / protein terbaik, mengestimasi matriks substitusi, menghitung komposisi asam amino, menghitung indeks ketimpangan pola, dan banyak lagi.
Distance: Digunakan untuk mengetahui urutan jarak berpasangan, jarak rata-rata keseluruhan, dll.
Phylogeny: Meskipun tab ini, Anda dapat mengonversi urutan masukan ke pohon kemungkinan maksimum, pohon penggabung tetangga, pohon evolusi minimum, dll.
User Tree: Ini digunakan untuk menganalisis data input menggunakan berbagai jenis User Tree seperti Least Squares dan Parsimony.

Terlepas dari fitur-fitur penting ini, Anda dapat menemukan beberapa menu tambahan lain untuk menyelesaikan berbagai tugas. Grafik dan laporan yang dihasilkan yang disediakan oleh software ini dapat disimpan sebagai format file Newick (.nwk).

Download MEGA dari situs resminya.

UGENE

UGENE adalah software open source bioinformatika gratis untuk Windows. Dalam software ini, Anda dapat membuat, mengedit, menganotasi, dan menganalisis urutan asam dan protein nukleat. Plus, software ini dilengkapi dengan dukungan bawaan untuk berbagai basis data seperti NCBI, PDB, ENSEMBL, dll., Dalam software ini, Anda juga dapat menemukan banyak tool analisis seperti analisis data Sanger, analisis data NGS, BLAST, penyelarasan urutan ganda, Kloning, tool HMMER, dll. Sebagian besar tool analisis ini bekerja dengan rangkaian lokal maupun dengan basis data urutan yang dapat Anda unduh menggunakan URL.

Cara menganalisis urutan asam nukleat dan protein menggunakan software ini:

• Tambahkan file urutan (ACE, BAM, GFF, GTF, MMDB, SAM, Raw sequence, NEXUS, dll.) Dengan menggunakan menu File. Urutan hadir dalam file secara otomatis akan terbuka pada antarmuka utama.
• Dalam urutan yang tersedia, Anda dapat melihat bahwa software ini secara otomatis menarik simbol serupa dari spesies yang berbeda dalam warna yang sama. Skema warna ini sangat berguna untuk mengidentifikasi simbol atau kode dari berbagai spesies yang sama. Skema warna ini juga dapat diubah dengan mengubah jenis warna ke Clustal X, Helix Propensity, Strand Propensity, dll.
• Anda juga bisa menggunakan berbagai tool yang tersedia seperti Zoom in / out, penyelarasan, statistik, dll. Untuk menganalisis urutannya.

Setelah analisis, Anda dapat mengekspor data urutan dalam format PNG, BMP, JPG, TIFF, dan SVG. UGENE adalah software bioinformatika yang cukup bagus untuk Windows dengan antarmuka yang sederhana.

Download UGENE dari situs resminya.

Jalview

Jalview adalah software bioinformatika gratis lainnya untuk Windows. Dengan menggunakan software ini, Anda dapat melihat dan mengedit perataan urutan, menganalisis urutan dengan principal component analysis (PCA) plot dengan phylogenetic trees, dan mengeksplorasi struktur molekul dan anotasi. software ini juga dilengkapi dengan DNA bawaan, RNA, urutan protein, dan visualisasi struktur dan kemampuan analisis. Plus, beberapa tool yang berguna seperti Jmol untuk melihat struktur 3D, VARNA untuk menampilkan struktur sekunder RNA, dll juga tersedia.

Dalam software ini, Anda dapat menambahkan urutan dengan langsung menulisnya, dengan menambahkan URL file urutan, atau dengan mengirimkan file urutan format yang didukung (PFAM, PIR, JSON, BLC, dll.). Segera setelah Anda memasukkan urutan, software ini secara otomatis akan membuka tampilan struktur pohon, tampilan struktur 3D, dan beberapa jendela pelurusan urutan untuk melihat, menyelaraskan, dan menganalisis urutan. Dalam software bioinformatika ini, Anda juga dapat memperhatikan bahwa setiap perubahan dalam penyejajaran berurutan secara langsung memengaruhi struktur 3D secara real time untuk membantu Anda menganalisis urutannya dengan cepat.

Rekomendasi software gratis untuk anda:

Software jadwal pengingat sholat dengan adzan dan arah Kiblat

4 software desain arsitektur gratis terbaik untuk windows

Terlepas dari tool analisis utama, Anda dapat menemukan banyak tool berguna lainnya dalam software ini seperti warna (untuk mengubah pola warna urutan secara manual), Anotasi (untuk menampilkan atau menyembunyikan berbagai penjelasan urutan yang bermanfaat), Hitung (untuk menghitung perataan berpasangan, penghitungan otomatis konsensus, menunjukkan wilayah mengapit, dll.), dan banyak lagi.

Download JALVIEW dari situs resminya.

Secara keseluruhan, ketiga fitur software  yang saya sebutkan diatas membantu anda dengan mudah menganalisis dan mempelajari berbagai sekuens bioinformatika dari beberapa spesies dengan mudah.